本发明提供一种抑制凝汽器运行腐蚀的系统及方法，该系统包括配药系统，配药系统包括用于容纳过氧化氢原液的药剂原液箱、除盐水箱、与除盐水箱连通的配药箱和进药样系统，配药箱的上表面具有进药口，配药箱设有药剂浓度检测仪；配药箱的上表面设有与药剂原液箱连通的药剂池、与除盐水箱连通的清洗池以及废水池；进药样系统包括进药样器；药剂浓度检测仪分别与进药样系统以及除盐水第二控制阀电连接。本发明提供的一种抑制凝汽器运行腐蚀的系统，采用进药样器，实现微量进药，提升药样量的控制精度，以及药剂浓度的控制精度；进药样器每次采集药剂之前均进行清洗与药剂润洗，保证输送至配药箱中的药剂浓度，防止引入其他杂质于配药箱。