本发明提供了岩心有效导热系数跨尺度预测方法、设备及存储介质，其方法包括：对非均质含甲烷水合物岩心进行CT扫描，获取岩心图片、基于分水岭算法提取岩心图片中的孔隙结构，选取孔隙区域并计算孔隙度、获取孔隙区域的表征单元体及其孔隙度、推导表征单元体ETC解析模型，获取孔隙表征单元体的有效导热系数、统计岩心图片孔隙的位置分布，结合孔隙表征单元体的孔隙度与有效导热系数生成等效岩心模型、利用等效岩心模型进行传热数值模拟，获取非均质含甲烷水合物岩心的有效导热系数；设备及存储介质，用于实现方法。本发明的有益效果是：实现了从孔隙尺度到岩心尺度的导热系数的跨尺度预测，提高了岩心导热系数预测的准确性。