本发明提供一种基于高速加解密算法的隐私保护与存储方法，包括如下步骤：S1、获取原始数据；S2、构建至少两组数据池，将第一数据池分发至所述原始数据的持有端，将第二数据池分发至所述原始数据的存储端；S3、将所述原始数据以预设分片规则分片为多个子数据，构建关于所述子数据的第一数据序列；S4、将所述第一数据序列以预设切割规则分片为多个子序列；S5、存储所述第一数据序列、所述子序列和所述子数据至所述第二存储池；S6、建立第一数据序列与所述子序列之间的第一索引集；S7、建立子序列与所述子数据之间的第二索引集；S8、将所述第一索引集和所述第二索引集经加密写入至所述子数据中，返回所述子数据至所述第一存储池；S9、备份存储所述子数据至所述第二存储池。本发明实现了数据的有效加密。