本发明公开了坝下涵洞洞身接缝接触渗漏的水下检测方法及系统，通过水下机器人获取涵洞的水下图像序列；对水下图像序列进行预处理和配准；基于配准后的水下图像序列，提取出现在水下图像序列中的颗粒信息；基于颗粒信息构建三维流体速度分布图，根据三维流体速度分布图，判断渗漏情况；将三维流体速度分布图叠加在预配置的三维涵洞模型中，并渲染和显示。本发明能适应涵洞内部复杂多变的水下环境，对深层细小渗漏有很高的灵敏度，能实现渗漏量的精确测量和趋势预测，检测过程自动化，降低人工依赖。