本发明公开了一种考虑交通外部效应的内河航道船舶交通分配方法，该方法依照OD对是否在交通网络单元中对船舶流量进行划分，将船舶交通外部效应纳入交通分配模型目标函数涵盖范围，使船舶交通造成的拥堵外部效应内部化；从航行费用和行程时间两个维度设置目标函数，推导了基于船舶延误时间、船舶航行成本的区域综合交通成本计算公式，构建了系统最优交通分配模型，并基于模型求解得到交通分配结果。该方法对内河航道网络内船舶交通分配问题与航道交通负载均衡提出优化方案，填补了传统船舶交通分配模型无法评估外部效应的空缺，为提高繁忙内河航道网络的整体运行效率，优化内河船舶交通时空分布等提供了理论依据。