本发明属于植物生物技术领域，其公开了一种烟草多分枝、矮化基因及其应用，其中，该基因的序列具有：（1）SEQ ID NO：1或2中的任何一个核苷酸序列或者其互补序列；（2）与（1）的核苷酸序列具有至少95％、尤其是至少96％或98％或99％序列同一性的核苷酸序列；（3）与（1）或（2）的核苷酸序列的互补序列在中等严格条件、优选高严格杂交条件下杂交的核苷酸序列。所述烟草多分枝、矮化基因可应用于培育少分枝、农业高效烟草品种中。可利用该基因通过基因工程和育种技术培育不需要人工抹杈或使用抑芽剂的理想型烟草新品种，为烟叶生产减工增效、降低农药残留、提升烟叶质量提供新的方法和研究方向。