本发明公开了一种中深层地源热泵系统柔性运行控制方法，包括基于深孔同轴地埋管换热器传热机理建立中深层地源热泵地埋管传热计算模型，基于仿真模拟法建立建筑负荷计算模型，根据所述调节目标值基于室内温度动态仿真计算和热负荷动态仿真计算预测建筑用能侧超供需求，将所述最大取热性能与中深层地埋管基准工况下取热量进行比较分析获得热源供给侧超供能力，对所述热源供给侧超供能力与所述建筑用能侧超供需求进行匹配性分析获得匹配数据，根据所述匹配数据建立中深层地源热泵系统的调控决策。该方法不仅可以提高中深层地源热泵系统运行控制的精度，同时具有较好的可解释性，可以直接应用于中深层地源热泵系统运行控制系统中。