本发明公开了一种XRF土壤重金属元素分析系统，本发明涉及XRF技术领域，解决了存在属性相差较大的相关重金属元素时，会导致其对应的次级反射线出现偏差的问题，本发明通过针对于存在重复标定的异常区域，优先对此类异常区域所产生的次级X射线进行分析，确定其对应射线波形内是否存在规律波形，基于规律波形的相关变化，来确定对应的波长，确定其所属分区，若未出现规律波形，则对此波形的变化情况进行分析，确定本异常区域最大占比的相关重金属所产生的对应波形，从而确定对应的波长，来确定最终的所属分区，保障其重金属的整体元素分析效果，确保精准度，以此达到更好的处理效果。