本发明公开一种应用包加密运行方法、装置、电子设备和存储介质，涉及计算机技术领域，方法包括：响应于对Spring Boot开发框架所开发的目标应用包的发布操作，通过解析依赖配置文件，获取目标应用包内依赖文件和程序运行包；对依赖文件和程序运行包进行加密处理，得到加密应用包；基于加密应用包，对Spring Boot开发框架输出的目标应用包进行结构重组，得到重组应用包；响应于对目标应用包的启动运行操作，获取预配的重组应用包的访问路径，根据访问路径从重组应用包中加载已加密的依赖文件和程序运行包，并进行解密；根据解密后的依赖文件和程序运行包进行应用运行。本方案将原程序包进行加密和结构重组，运行时通过动态加载和解密，可保证程序运行包的安全。