本申请提供了一种基于HPLC与HRF双模通信的时频同步系统和方法，涉及计量技术领域。该系统包括：主时钟在系统处于在线状态的情况下，基于脉冲信号和时间码信号确定基准同步时频；边界时钟基于基准同步时频和基于HPLC与HRF双模通信构建的与边界时钟相关的时钟网络拓扑，确定第一网络共视时频校准值，基于第一网络共视时频校准值对其当前时频进行校准，得到第一基准同步时频；从时钟基于第一基准同步时频和基于HPLC与HRF双模通信构建的与从时钟相关的时钟网络拓扑，确定第二网络共视时频校准值，基于第二网络共视时频校准值对其当前时频进行校准，解决了高精度时间同步及低成本兼容的需求，满足各类电力通信网络场景。