本发明提供了一种利用聚焦离子束制备纳米级纳米级小孔存储器透射电镜样品的方法。本发明的透射电镜样品的方法，小孔的直径与第二保护层、第四保护层的宽度相同，即第二保护层、第四保护层均为细条状保护层；而第一保护层、第三保护层的宽度大于小孔的直径，即第一保护层、第三保护层均为宽条状保护层；本方案中采用多次镀保护层(即第一保护层、第二保护层、第三保护层、第四保护层)的方法，在常规铂保护层上下分别多镀细条状保护层(即第二保护层、第四保护层)，细条状保护层的宽度和小孔直径相当，且正好位于小孔正上方，这样在后续精修过程中就以细条状保护层为中心定位，可以确保减薄到最后小孔结构仍然在样品中。