本发明公开了一种陶瓷基板内部微缺陷的自动化批量检测系统及其方法，包括放置架与检测箱，检测箱安装于放置架内，放置架包括安装立柱、送料轨道、进料轨道、横梁、吸取头以及清理架，检测箱一侧侧壁、顶盖与检测箱本体相对滑动设置，检测箱底部阵列设置有若干检测底座，检测箱顶盖内侧于检测底座正上方活动设置有检测顶座，检测底座与检测顶座上均设置有柔性导电材料，检测底座与检测顶座之间的柔性导电材料夹设有陶瓷基板，检测箱另一侧侧壁上开设有注入口，检测底座与检测顶座通过通电导线连接PLC端。本发明的优点在于能够直接对陶瓷基板进行自动化批量检测，提高生产效率，耗时短。