本发明涉及一种基于小波变换的正则化自编码器序列故障检测方法，属于组合导航技术领域；包括：对于GNSS/INS紧组合导航系统采用广义最大相关熵卡尔曼滤波进行INS递推误差估计和递推误差校正；采集单颗卫星滤波新息数据中的伪距时间序列和伪距率时间序列，进行归一化后得到归一化的伪距时间序列和伪距率时间序列；采用归一化时间序列分别训练出第一和第二正则化自编码器；使第一、第二正则化自编码器能够进行卫星正常、故障状态分类；结合第一和第二正则化自编码器的分类结果得到最终的分类结果；在组合导航系统定位过程中，采用训练好的第一和第二正则化自编码器进行单颗卫星数据分类，以检测出单颗卫星是否故障以及故障种类。本发明提高了故障检测精度。