本发明公开了一种时间交替采集系统的频响误差综合校正方法，先设置时间交替采集系统的带宽、采样率以及综合校正滤波器组的频域点数；然后利用点频法测量测量不同通道的相对频响以及系统整体归一化幅频响应，同时利用广谱信号测量系统与理想系统的相频差异，计算对应的校正频响；接着计算综合校正滤波器组的频响，从而设计出综合校正滤波器组；最后将测量系统各通道的输出拼合后输入至综合校正滤波器组，经过各个子滤波器的滤波处理得到滤波结果，再经过一个数据选择器获得最终的校正结果。