本发明提供了双通道相机的控制系统和方法，包括：双通道相机、核心模块、显示屏、触控屏和便携终端；双通道相机采集环境中同一视场下的可见光画面和荧光画面，并将可见光画面转化为可见光图像，将荧光画面转化为荧光图像；核心模块对可见光图像和荧光图像进行多模式图像处理、多模式图像拼接处理和多模式图像选择处理，得到多模式图像组和拼接图像，并将多模式图像组中的任意一种图像或拼接图像作为待显示图像，以及接收触控屏或便携终端发送的操作指令，根据操作指令调整对应参数；显示屏用于显示待显示图像；触控屏和便携终端可以显示用户界面，供用户进行参数控制。