本发明涉及一种超耐候硅改性树脂及其制备方法，其中合成步骤包括低聚硅烷预聚体的合成、含羟基的有机无机杂化树脂的合成和超耐候硅改性树脂的合成，在合成低聚硅烷预聚体时，控制预聚体分子量为300‑500、甲氧基含量为15％‑20％；在合成含羟基的有机无机杂化树脂时，将Si‑O‑Si键引入主链中，提高树脂的抗紫外降解和抗红外热老化能力；最后在侧链引入低聚硅烷预聚体，对太阳光中的紫外线产生屏蔽作用，进一步提高树脂的耐热老化能力，最后得到超耐候硅改性树脂。本发明所述超耐候硅改性树脂既带羟基，又带甲氧基；既可以高温自交联固化形成超耐候涂层，又可以低温与异氰酸酯树脂和氨基树脂固化形成超耐候性涂层，适合多种施工条件。