本发明提供一种改性聚酯薄膜的制备方法，包括：将硫脲溶于乙醇溶液中，将含对羟基苯甲醛和乙酸的乙醇溶液缓慢滴加至含有硫脲的乙醇溶液中，在85～95℃下反应4‑6h，制得中间产物；将步骤S1获得的中间产物和碳酸氢钠分散于四氢呋喃中，再滴加含有氯磷酸二苯酯的四氢呋喃溶液，在温度75～85℃下反应5～8h，制得含磷/氮/硫席夫碱多功能改性剂；S3、将含磷/氮/硫席夫碱多功能改性剂和聚酯进行混合，通过挤压、铸片、拉伸和热定型，制得阻燃防熔滴抗菌多功能聚酯薄膜。本发明采用对羟基苯甲醛、硫脲和二苯基次膦酰氯两步法反应合成含磷/氮/硫席夫碱多功能改性剂，该含磷/氮/硫席夫碱多功能改性剂对聚酯薄膜的阻燃效率和抗菌效率较高。