本发明公开了一种人工改造的提高紫花苜蓿耐盐性的基因及其编码蛋白与应用，属于遗传工程技术领域。本发明解决了目前紫花苜蓿耐盐性不高，不能在中高度盐碱地种植的问题。所述人工改造的提高紫花苜蓿耐盐性的基因命名为MsRCI2E‑mHCT，所述基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，所述基因编码的蛋白的氨基酸序列较原始MsRCI2E蛋白相比缺失第二个TMD后亲水C末端尾巴，所述基因编码的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.6所示。本发明所述的人工改造的提高紫花苜蓿耐盐性的基因超量表达能够显著提高紫花苜蓿的耐盐性，适用于培育转基因耐盐植物领域。