本发明公开了水生生态系统结构模型中初级生产的生产率随环境条件变化的计算方法及计算系统，包括构建水生生态系统结构模型与水质模型的耦合，设定水生生态系统结构模型中初级生产的生产率与环境条件的变化关联性，基于所述耦合与环境条件的变化关联性，计算任一时刻环境条件下的初级生产的生产率。该计算方法通过设定水生生态系统结构模型中初级生产的生产量/生物量（P/B值）随环境条件的变化函数，以及构建水生生态系统结构模型与水质模型之间的耦合纽带，综合计算出考虑环境影响因素而计算出准确度高的初级生产生产率，可以进一步提升生态系统结构模型的适应性和模拟精度。