本发明涉及一种园区综合能源系统运行性能评价方法、系统与存储介质，步骤包括采集园区综合能源系统的基本信息与运行数据，构建园区能源系统运行性能综合评价体系；在园区能源系统运行性能综合评价体系中输入用户评价维度及维度侧重排序信息；基于园区能源系统运行过程的原始数据，计算园区能源系统运行性能综合评价体系中的各项评价指标并进行归一化处理；基于用户评价维度及维度侧重排序信息，计算各项评价指标的综合权重；对各项评价指标的归一化结果和相应的综合权重进行加权求和，得到园区能源系统的综合评价。本发明提供的方法能够基于实际运行中的能源系统运行数据做出综合的量化评价，以此作为系统运行优化、控制方案调整的依据。