本发明提供一种食品安全抽检数据校验方法、存储介质及系统，该方法包括如下步骤：获取待校验的多个食品安全抽检数据，识别对应的抽检环节；根据抽检环节获取与抽检环节对应的多个校验规则形成规则集合；对每个食品安全抽检数据，利用获取到的一个或多个校验规则进行校验，得到一个或多个校验结果；将所有食品安全抽检数据及其校验结果汇总并进行再次校验，判断各个食品安全抽检数据在两次校验下的校验结果是否都通过，对校验结果为不通过的校验规则的有效性评估，将校验结果都通过的与校验结果不完全通过的食品安全抽检数据以不同形式进行显示，并显示校验规则的有效性评估结果，能够省略重复的人工校验工作，提高校验效率且能减少人工错漏判。