本发明提供一种步进电机的控制方法、控制系统、电子设备及存储介质，涉及电机控制领域。步进电机的控制方法包括获取配置步进电机的第一目标参数和第二目标参数；获取七段S型曲线的第三目标参数；计算获取七段S型曲线中各个阶段实际所需的实际脉冲数量；获取定时器的频率装载表；以获取步进电机进入七段S型曲线中下一个阶段的速度；获取定时器产生固定周期脉冲所需的重载值，并确定定时器周期计时的溢出中断的时刻，且在溢出中断中生成步进电机的控制信号。该步进电机的控制方法能够实现对步进电机的S型曲线平滑加减速控制，通过合理利用定时器、预计算频率装载表和驱动运算芯片计算能力，有效降低了驱动运算芯片实时计算压力。