本公开提供了一种轮毂电机控制器故障控制方法及系统，涉及电动汽车电机控制技术领域，采用电流、电压等传感器获取轮毂电机控制器输出情况，判断轮毂电机控制器是否处于故障状态，将轮毂电机控制器故障情况分为四类：全部轮毂电机控制器出现故障；三个轮毂电机控制器出现故障；两个轮毂电机控制器出现故障；单个轮毂电机控制器出现故障；根据四类故障情况分别采取措施，利用车辆特殊的电气架构，前、后轮轮毂电机控制器可根据情况进入一拖二模式，由单电机控制器驱动前轮或后轮两个轮毂电机，保障故障轮动力，采取制动器精准控制制动扭矩的方式应对电机控制器一拖二策略中可能出现的：前、后轮轮毂电机控制器无法实现扭矩分配的情况。