本发明提供了一种双层加压控藻装置，变频控制柜、PLC控制柜、无堵塞进水泵、无堵塞出水泵和多组加压罐均安装至所述底座上；多组加压罐，各组加压罐之间并联设置，每组加压罐对应设置一个用于向罐内注入藻水的无堵塞进水泵和一个用于排出罐内经加压破囊处理后的藻水的无堵塞出水泵；每组加压罐包括呈上下两层布置的两个加压罐，且两个加压罐并联设置；每个加压罐顶部安装有压力变送器。本发明提供的双层加压控藻装置，四个加压罐采用两两并联的连接方式，利用加压破囊技术，可在景观湖、城市河道等水华暴发水域对蓝藻进行现场加压破囊处理，实现大面积处理蓝藻，极大的提高了蓝藻处理效率和质量。