本发明涉及水利水电工程运行与控制技术领域，公开了一种流域集控水电站生产调度系统及方法，其中，一种流域集控水电站生产调度方法，包括以下步骤：获取设定流域的历史水文数据、历史电力生成数据、历史地理信息数据和历史环境影响数据；对上述数据进行预处理后生成训练数据集；构建调度方案生成模型；获取设定流域的实时水文数据、实时电力生成数据、实时地理信息数据和实时环境影响数据，预处理后输入调度方案生成模型，生成适用调度方案；本发明通过调度方案生成模型从流域中的历史数据中学习流域中支流与水电站发电过程之间的影响参数，从而对后期的水电站发电过程进行优化调度，从而降低发电过程对流域支流的影响。