本发明涉及正仲氢转化领域，具体涉及一种基于超疏水界面微通道反应器的正仲氢转化装置及正仲氢转化方法。基于超疏水界面微通道反应器包括换热反应单元和正仲氢转化单元，换热反应单元的微通道与制冷机形成闭合回路；正仲氢转化单元的微通道内壁由于负载有微纳米尺寸的正仲氢转化催化剂而形成超疏水界面。高纯的气态氢气在正仲氢转化单元进行正仲氢的转化，制冷剂进入到换热反应单元对正仲氢转化单元进行冷却降温，即可完成正仲氢的转化且氢气的液化后。超疏水界面可以降低液滴的脱落尺寸，防止大液滴覆盖冷凝壁面而导致表面滴状冷凝换热性能的恶化；同时，超疏水界面提高了液滴的刷新频率，促进了气态氢液化成核的速率，强化了传质效果。