本发明设计一种酶法合成的甘油葡糖苷的纯化方法，包括了两轮模拟移动床处理，其中将所述粗纯化液进行一轮SMB处理，得到第一次一轮提余液和一轮提取液；将一轮提取液进行二轮SMB处理得到的二轮提余液进行一轮SMB处理，得到第二次一轮提余液，两次一轮提余液均为纯化的甘油葡糖苷溶液。本发明设置了两轮SMB分离纯化，兼顾了纯度和收率两个重要指标，可实现99％以上的纯度和93％以上的回收率，如果将第一次二轮提余液循环与下一批的粗纯化液混合上样进行一轮SMB处理，连续循环，可在保证99％以上的纯度的情况下实现无限接近100％的回收率。