一种基于多重PCR和产物分选建库方法及磁珠分选方法及应用，涉及核酸检测领域。本发明采用极低循环数多重PCR对靶标区段进行扩增，提高了扩增子间的均一性；随后在扩增产物中添加Carry DNAs并进行两轮磁珠分选，此步骤避免了扩增产物大量丢失。最后通过PCR反应连接测序引物形成适合于NGS测序平台的扩增子。利用极低循环数的多重PCR，避免了高循环带来的扩增子间的不均一性和产生的大量引物二聚体；通过添加Carry DNAs的两轮磁珠分选能够避免扩增产物丢失，并提供有效的质量控制，方便后续实验。该技术是一种成本低廉，操作方便，适合于常规实验室的多重PCR扩增捕获建库方法。