本发明涉及化学分析检测及应用领域，特别涉及一种人凝血酶原复合物的种属鉴别的方法。一组人凝血酶原复合物特征多肽，氨基酸序列为HQDFNSAVQLVENFCR（凝血因子Ⅱ）、SEPRPGVLLR（凝血因子Ⅶ）、ITVVAGEHNIEETEHTEQK（凝血因子Ⅸ）、NTEQEEGGEAVHEVEVVIK（凝血因子Ⅹ）。使用上述特征多肽表征待测样品中人凝血酶原复合物的种属来源。采用以下步骤：取待测样品经过还原烷基化及胰蛋白酶酶解预处理，取酶解液上清作为供试品溶液；将上述供试品溶液和对照品溶液注入液相色谱‑质谱仪，选择相应的离子对，对待测样品中人凝血酶原复合物的种属来源进行检测；该方法简便快捷，丰富了人凝血酶原复合物的鉴别方法，提高了质量控制水平。