本发明公开了基于有限元建模的单桩打桩近场水下噪声预测方法及系统，属于近海风机单桩基础沉桩水下噪声预测领域，包括：通过分别对海水层、单桩、海床层以及声—结构边界双向耦合、多孔弹性耦合进行有限元建模，从而计算瞬态冲击荷载下海水、桩、海床时域的瞬态响应，从而实现了桩周水下噪声近场分布的预测，然后分析多孔介质海床不同渗透系数、饱和度对水下噪声的影响，为工程中海床为多孔介质时水下噪声预测过程中海床渗透系数、饱和度的测定提供有效支撑。