本发明公开了一种高比例新能源下交直流混联电网电磁暂态仿真方法及系统，基于机电暂态数据建立初步交流网电磁暂态模型；建立变压器无向图，生成变压器无向图树；判断不在变压器无向图树上的变压器接线方式的正确性；当接线方式不正确时，重新修正变压器接线方式；为每一个新能源场站建立新能源单机倍乘电磁暂态模型以及无功补偿装置；基于新能源单机倍乘电磁暂态模型、无功补偿装置建立新能源场站模型；为新能源场站生成自动初始化配置信息；基于机电暂态数据建立具有初始化功能的直流电磁暂态模型；基于初步交流网电磁暂态模型，部署新能源场站模型和直流电磁暂态模型，并通过自动初始化配置信息对新能源场站进行初始化。