本发明提供一种电渗析系统、控制方法及电子设备，该控制方法包括实时检测电渗析膜堆的运行状态，所述运行状态包括正常状态和堵塞状态；根据所述运行状态切换所述电渗析膜堆的工作模式，所述工作模式包括第一工作模式和第二工作模式，所述第一工作模式为所述电渗析膜堆的浓水腔室与浓水箱连通、以及所述电渗析膜堆的淡水腔室与所述淡水箱连通，所述第二工作模式为所述淡水箱分别与所述淡水腔室和所述浓水腔室连通。实施本发明，实现电渗析膜堆运行过程中的在线自动清洗，既有效的降低电渗析系统堵塞现象，又可以维持浓水循环料液的溶质浓度，避免了由于清洗料液返回浓水造成的浓水浓缩效果降低的问题。