本发明提供了一种抑制小麦穗发芽的疏水界面膜复合材料及其制备方法，原料包括壳聚糖粉末、玉米醇溶蛋白、纳米二氧化硅和溶剂；其中壳聚糖粉末质量体积浓度为0.1‑5％；玉米醇溶蛋白质量体积浓度为0.1‑5％；纳米二氧化硅质量体积浓度为0.1‑3％。将本发明的疏水界面膜复合材料喷施在成熟期小麦籽粒表面形成疏水界面膜，可以有效抑制小麦穗发芽发生，保障小麦安全生产。本发明的疏水界面膜复合材料抑制小麦穗发芽的效果好，喷施后能使离体穗发芽率降低95％以上，降低了小麦穗发芽带来的产量和品质。