本发明提供一种基于透射光谱检测菠萝内腐情况的检测系统及方法，涉及菠萝检测技术领域，包括：光谱采集模块，用于采用透射方式采集多组不同角度的菠萝内部光谱数据，所述菠萝内部光谱数据包括水分含量数据、糖分含量数据和pH值数据；第一数据处理模块，用于对各个不同角度的菠萝内部光谱数据进行数据处理和相关性分析。本发明通过多个模块之间的配合，先判断出菠萝的成熟度，再对成熟度高的菠萝进行二次检测，利用多个角度获取的腐烂评价系数和腐烂方差，判断菠萝的内腐情况，提高了判断菠萝内腐情况的精度和效果，同时避免了采用相同的检测标准衡量菠萝的内部果肉是否腐烂，导致检测结果出现偏差的问题。