本发明涉及重要战略资源，稀有气体—氦气的成因来源判识、运移机制分析的技术领域，公开了一种基于瑞利分馏模型评价氦气二次运移过程中脱气程度的方法，包括以下方法：明确产层段、获取产层段的发育特征，确定该产层段脱气发生的深度范围；获取储层温度以及压力；在井口取样或是录井时随钻取样，做好密闭，防止氦气泄漏；测试分析得到的CO2和He含量以及CO2/3He比值；将最低的CO2/3He比值确定(CO2/3He)初始，并编号为样品1；将其他样品按层段分类并分别计算，将要计算的样品设为样品2。本发明，采用瑞利分馏模型定量分析了CO2/3He比值变化对二次运移中含氦过饱和水脱气的程度，进一步完善了对氦气从深部至浅层的二次运移过程的评价与分析。