本发明具体涉及一种电能计量故障下差错电量的计算方法、系统及存储介质，属于电力计量技术领域。包括以下步骤，先采集历史运行数据，在采集的历史运行数据中构建判断数据集合L来对电流积分法计算出的预估用电量与实际用电量之间的偏差程度，当偏差程度较大时，进行校正补偿。本发明增加了电流积分法计算出的预估用电量与实际用电量之间的偏差判断，同时对电流积分法计算出的预估用电量进行了校正补偿，大大提高了电流积分法计算电能计量故障下差错电量的准确率，使得电量退补工作可以公平公正的进行。同时，本发明搭建了承载电能计量故障下差错电量的计算方法的系统平台和存储介质，使得计算方法可以更加流畅的应用于不同的场景。