本发明公开了一种基于井震联合约束的深度域数据体获取方法、系统及存储介质，方法包括：获取目标区域的测井数据标定结果，根据测井数据标定结果的时间‑深度对应关系，得到测井修正层速度数据；通过时间域构造标准层约束，将井点对应层位深度进行全区插值，得到深度域插值层位数据；应用测井修正层速度数据，进行测井速度空间插值，得到目标地层的地层层速度数据体；在目标地层中选取基准面，进行速度积分运算，得到目标地层的时间域数据对应的深度域数据；根据时间域数据的采样间隔和地层层速度数据体计算得到深度域采样间隔，以进行重采样，得到深度域数据体。本发明能够获得与井点与构造层位精准符合的深度域数据体。