本发明属于液流电池技术领域，公开一种液流电池的催化剂移动式初始化系统及方法，其中，系统包括正极电解液储罐、负极电解液储罐、正极电解液进路、第一三通、正极电解液出路、第二三通、负极电解液进路、第三三通、负极电解液出路、第四三通和储能变流器。本发明的初始化系统可灵活补充液流电池内电池堆催化剂，提高液流电池效率。本发明的初始化系统外形尺寸小，操作便捷，可解决液流电池突发问题导致的催化剂脱落问题，避免大型液流电池重新运行对催化剂冲击的影响。本发明的初始化系统，初始化系统电解液互混后，电解液即回到初始化状态可重复使用，避免电解液因跨膜迁移导致的电解液不平衡，互混后，后续使用。