本申请提出了一种氢电耦合微电网系统的优化配置方法及其装置，涉及电力系统技术领域，通过获取电解水制氢单元的调节限制参数；根据调节限制参数，获取电解水制氢单元的制氢额定功率、储能电池单元的电池额定功率范围和电池额定容量范围；收集发电单元对应的历史发电数据以及用电负荷单元对应的历史用电负荷数据；根据历史发电数据、历史用电负荷数据、制氢额定功率、电池额定功率范围和电池额定容量范围，按照电解水制氢单元与储能电池单元对应的预设协调工作方式进行成本寻优预测；获取成本寻优之后得到的最低成本对应的电池额定功率和电池额定容量；根据制氢额定功率、电池额定功率和电池额定容量对氢电耦合微电网系统进行优化配置。