本发明公开了一种水稻恶苗病防治方法，包括以下步骤：S1：选种：选育无病种子，并进行种子消毒处理；S2：浸种：采用1％石灰水澄清液浸种，浸种5‑7天；S3：栽培管理：对浸种后的种子进行催芽，催芽后进行拔秧移栽；S4：生物农药施用：通过制备中药提取液对催芽后的幼苗进行生物农药均匀施用，有效实现水稻恶苗病的防治。本发明提供了一种水稻恶苗病的防治方法，通过选育无病种子来降低发病率，并且选取后的种子通过1％石灰水澄清液进行浸种杀菌，大大降低了水稻催芽后患有恶苗病的概率，即使少量的秧苗出现患有恶苗病的情况，通过提取中药提取液，并对患病秧苗进行均匀施用，能够起到很好的治疗效果，治疗后无病发，具有很好的防治效果。