本发明涉及辣椒种植技术领域，具体提供了一种克服辣椒连作障碍的方法，旨在解决现有技术中连续多年在同一块田地上种植辣椒，导致出现辣椒连作障碍的问题。步骤包括：辣椒苗定植前施足底肥；定植时穴施生物菌肥和药丸；定植后严格按照时间施不同的肥料，且每个时间段施的肥料种类和用量不同，配合施多效唑控高。通过本发明提供的方法种植的辣椒根系发达、植株高大且叶茂、未出现倒伏植株、辣椒果大顺直、色泽鲜亮、产量高以及品质好，有效解决了辣椒连作障碍导致的辣椒产量降低和品质下降的问题。