本发明提出了一种含聚二甲基硅氧烷生物基聚碳酸酯共聚物及其制备方法，属于聚碳酸酯的技术领域，用以解决1，4；3，6‑二脱水己六醇型聚碳酸酯的柔韧性和加工性能较差的技术问题。本发明聚碳酸酯共聚物的制备方法为将碳酸二酯、二羟基化合物和催化剂混合，进行熔融酯交换聚合反应，制得聚碳酸酯共聚物；所述二羟基化合物包括1，4；3，6‑二缩水己六醇和羟基封端聚二甲基硅氧烷。本发明所得聚碳酸酯共聚物重均分子量为44800～208000g/mol，由于其优良的性能，能够满足多种实际用途。本发明的聚碳酸酯共聚物与均聚碳酸酯相比，拥有优异的综合性能，同时合成过程绿色环保，不含剧毒原料产品。