本发明公开了一种南美白对虾热休克蛋白60A基因分子标记，其包括位于南美白对虾热休克蛋白60基因序列上的分子标记A、分子标记B、分子标记C、分子标记D、分子标记E、分子标记F、分子标记G和分子标记H；本发明所述的分子标记与南美白对虾耐寒性状显著相关，可作为南美白对虾耐寒能力的功能标记，通过提取待测南美白对虾肌肉组织的基因组DNA进行PCR扩增并对得到的产物进行测序，确定所述的分子标记A、分子标记B、分子标记C、分子标记D、分子标记E、分子标记F、分子标记G和分子标记H的基因型，再选择具有优势的基因型个体进行南美白对虾育种，从而准确、高效地选育出具有耐寒抗逆性状的南美白对虾，为南美白对虾耐寒品种的选育提供了可行方案。