本发明公开了一种多抽头耦合型变压器补偿系统及其控制方法，系统包括：单相补偿模块：多抽头变压器T1、抽头投切电路、电压型H桥逆变器、储能装置、开关S1和开关S2；控制模块：电压检测单元、计算单元、开关控制单元和电压补偿单元；方法包括：当电网任意一相发生电压跌落时，则对应相的单相补偿模块中的开关S1和开关S2断开，系统进入串联补偿模式；计算各相负载的电压跌落比ksag，进行同相补偿；电压型H桥逆变器对所获取的电网电压进行幅值修正，多抽头变压器T1对电网输出补偿电压；电网电压恢复标准时关断反并联晶闸管投切，将开关S1和开关S2闭合，系统进入并联补偿模式。