本发明公开了一种磁敏感态跃迁频率的自动校准方法，首先跃迁频率自校准系统，建立了原子的跃迁频率Fc与磁通门计测量的监视磁场以及采样电阻测量的监视电流的反馈模型dFc=C1#imgabs0#dBfx+C2#imgabs1#dIx，并通过测量多组原子的跃迁频率以及对应的监视电流Ix和监视磁场Bfx，再对反馈参数待定的反馈模型进行拟合获得反馈参数，将反馈参数代入到反馈参数待定的反馈模型中得到反馈模型，并根据反馈模型建立跃迁频率自校准方法，本发明的跃迁频率自校准方法实现了跃迁频率的自动校准，减少了人为测量校准跃迁频率的次数，增加了实验中能态操控的稳定性。