本发明申请属于分子标记技术领域，具体公开了一种用于鉴定薄壳山核桃种质的InDel分子标记，引物共有34对，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.68所示。本发明的34对引物可以明确种质间的遗传差异，同时将有亲缘关系的种质聚在一个分支，适用于薄壳山核桃遗传多样性评价、亲缘关系分析和品种鉴别。本发明采用引物组得到的鉴定结果不受环境影响，具有高效、准确和稳定的优点，该鉴定结果能够为薄壳山核桃品种种植、种质创制以及品种鉴别提供基本数据。