本发明属于液流电池技术领域，公开一种厂房式液流电池的热管理系统配置方法及系统，其中，方法包括建立厂房式液流电池的热管理系统配置的目标函数，并确定目标函数的约束条件；建立厂房式液流电池的热管理系统模型，包括散热模型、产热模型及热平衡模型；基于目标函数和约束条件，将热管理系统模型的固定参数输入热管理系统模型后，采用遗传算法对热管理系统模型进行求解，确定厂房式液流电池的热管理系统配置方案。本发明可以广泛应用于厂房式液流电池的热管理系统的配置选型方案计算，在保障厂房式液流电池稳定运行的同时，提高了热管理系统的经济性，进而提高了液流电池的经济性，在厂房式液流电池设计及推广中具有重要的意义和应用价值。