本发明公开了一种特大干旱情景下供水系统调控优先次序的确定方法，包括以下步骤：根据供水水源和调控方式分析特大干旱情景下供水系统的调控措施；基于调控措施对区域生态经济的影响，构建特大干旱情景下供水系统调控生态经济效应构成体系；采用能值量化方法计算供水系统各调控措施的生态经济效应；基于调控措施的生态经济效应，确定供水系统调控措施的优先次序。本发明采用生态经济学能值理论与分析方法，综合考虑调控措施带来的社会、经济和生态环境影响，进行生态经济效应构成和量化，解析调控措施的增供水量、调控成本及生态经济效应三者之间的响应关系，进而确定供水系统调控优先次序，为特大干旱情景下开展科学合理的供水调控提供参考。