本发明实施例公开了一种控制指令下发方法、系统及存储介质，包括：业务主站在接收到控制指令时，调用加密机对控制指令进行签名加密生成控制报文，并将控制报文下发至物管平台设备；物管平台设备根据控制报文确定目标边缘物联设备的双向认证结果，在双向认证结果为双向认证成功时将控制报文发送至物联涉控服务设备；物联涉控服务设备调用加密机对控制报文进行验签，在验签成功后调用加密机基于双向认证参数对控制指令加密和再次签名，将生成的双向认证控制报文下发至目标边缘物联设备；目标边缘物联设备对双向认证控制报文进行解密所得的双向认证参数进行验证，并在验证通过时接收双向认证控制报文中的控制指令，提升了数据传输安全性和稳定性。