本发明提供了一种一种面向非均匀不连续空间探测仪器的控温方法及系统，将空间探测仪器的主动控温加热器设计为第一类加热器和第二类加热器，得到加热器理想模型；基于空间探测仪器构型，建立数学传热模型；基于数学传热模型，对热量传递的规律及影响温度场分布的因素进行分析，获得热量传递特性，确定以径向主动控温为核心的温控目标；基于数学传热模型和温控目标，采用贝尔曼最优化算法，根据需求配置的相应权重参数，计算得到最优的功率密度参数。本发明具有精确控温、抗干扰能力强、能效优化和生产效率提升等优点，为空间望远镜系统温度的精确控制和稳定性提升提供了有力支持。